Lembaga Pendidikan Nazhatut Tholibin didirikan oleh seorang Kiyai yang bernama Ky. Hasibi beliau berasal dari daerah Sampang Madura dan mempunyai istri yang bernama Ny. Khotijah berasal dari Desa Liprak Wetan Banyuanyar Probolinggo, setelah beliau berdua menetap di desa tersebut dan melihat situasi penduduk disekelilingnya pada saat itu sangat minim terhadap pendidikan sehingga beliau berdua mendirikan sebuah lembaga pendidikan yang diberi nama Nazhatut Tholibin.
Nama lembaga yang didirikan oleh beliau merupakan Kombinasi nama sebuah pesantren yang ada di Wilayah Sampang Madura (Nazhatut Thullab) dan Pesantren yang ada di Wilayah Banyuanyar Probolinggo tepatnya di Desa Blado Wetan (Nahdlatut Tholibin), Nama “Nazhatut” mengambil dari nama Pesantren yang berada di wilayah Sampang Madura dan nama “Tholibin” mengambil dari nama pesantren yang ada di Desa Blado Wetan.
Awal mulanya lembaga ini berdiri pada tahun 1971 dan tidak mempunyai gedung sehingga para siswanya pada waktu itu belajar di teras-teras masjid dan musholla disamping itu lembaga ini tidak mempunyai ijin operasional dari instansi terkait baru pada tahun 1973 pengasuh lembaga Nazhatut Tholibin mengajukan penerbitan ijin operasional ke Departemen Agama pada waktu itu dan beberapa bulan kemudian ijin operasional itu turun dan dari situlah lembaga ini mulai berbenah,membangun gedung dan melengkapi sarana prasarana serta mengikuti kegiatan-kegiatan yang diadakan oleh Departemen Agama pada waktu itu. Selain pendidikan formal Kyi. Hasibi Mutabba’ juga mendirikan pendidikan non formal yang dilaksanakan pada sore hari sampai malam hari namun meskipun kegiatan ini berjalan santri yang ada tidak menetap cuman menginap saja dan paginya pulang kerumah.
Setelah pendiri lembaga ini wafat maka estafet kepemimpinan Madrasah Ibtidaiyah Nazhatut Tholibin dilanjutkan oleh putra-putranya dan sampai saat ini Madrasah Ibtidaiyah Nazhatut Tholibin terus berkembang,memiliki fasilitasi yang cukup serta jumlah murid yang terus bertambah dan bersaing dengan lembaga-lembaga lainnya dalam meraih sebuah prestasi baik secara akademik maupun non akademik.
Tepatnya pada tahun 2006 lembaga pendidikan ini berkembang mendirikan Sekolah Menengah Pertama Islam (SMPI) dari sinilah banyak siswa yang menginap dan menetap sehingga pihak pengasuh berinisiatif mengajukan Ijin Operasional pondok pesantren untuk diakui legalitasnya oleh pemerintah.
Setelah Ijin Operasional itu turun barulah pihak pengasuh meresmikan Pondok Pesantren Nazhatut Tholibin sebagai sarana untuk santri yang menetap.